La flota estaba comandada por el contralmirante Juan Williams, quién se distinguió durante la guerra contra España de 1865-66. Como aquel, era notable la profusión de oficiales de ancestros británicos, tales como Condell, Rogers, Simpson, Thomson y el comandante Lynch, este último inclusive, adscrito en su juventud a la Real Marina Británica y como tal veterano de la segunda guerra del opio entre China y Gran Bretaña.

Bolivia prácticamente no contaba con escuadra, salvo por tres pequeños barcos, entre ellos el bergantín Sucre, todos ellos capturados durante la ocupación de Antofagasta. Su ejercito por otra parte, se componía de un general de división, un general de brigada, nueve coroneles y otros oficiales que en conjunto sumaban 359. La tropa estaba constituída por 1,522 soldados armados con fusiles Remington, Martini y Winchister. La caballería constaba de 200 hombres y la artillería sólo poseía dos cañones rayados, dos ametralladoras de calibre mayor, dos de calibre menor y 95 rifles de Sharfo. Aquel era un factor que quizás el Perú debió considerar al mantener la alianza militar con el país del altiplano, cuyos gobernantes de esa época cometieron el error de no cuidar adecuadamente su región costera al no desarrollar una marina y una fuerza militar disuasiva (11).

La escuadra del Perú, salvo una excepción, no se había renovado en los últimos once años (12).

Estaba integrada por dos blindados, dos monitores de hierro, dos corbetas de madera, una cañonera, algunas lanchas torpederas y seis transportes.

Sin duda la principal nave del Perú, aunque no la más grande ni velóz, era el Huáscar, blindado de mar con espolón modelo Ericsson, diseñado por el capitán Cowper Coles de la Real Marina, en base a sus experiencias en la guerra de Crimea. Su construcción se inició a fines de 1864 como el Proyecto 321 de los astilleros Lairds Brothers de Birkenhead, a orillas del río Mersey, en Liverpool. Desplazaba 1,130 toneladas, tenía 67 metros de largo,11 metros de ancho y 1,500 caballos de fuerza. Su casco de hierro, pintado de gris,estaba protegido por un blindaje de cuatro pulgadas y media en el centro, reducido a dos pulgadas y media en la popa y la proa. Entre el casco y el blindaje poseía una separación de madera de teca de catorce pulgadas para reducir el impacto de los proyectiles. Contaba con una torre giratoria, operada manualmente, llamada Torre Coles en honor a su diseñador, con un blindaje de cinco pulgadas y media en la que se desplegaban dos cañones Armstrong de 300 libras. Detrás se ubicaba una torre hexagonal desde donde se gobernaba la nave. También poseía dos cañones Armstrong de cuarenta libras ubicado cada cual en las partes laterales y un Armstrong de doce libras en la popa. Con una sola hélice propulsada por dos máquinas alternativas horizontales, alcanzaba una velocidad de once nudos y tenía una capacidad de 300 toneladas de carbón repartidas en cuatro calderas rectangulares, lo que le permitía largos viajes en alta mar. El blindado era tan maniobrable que podía dar un giro de 180 grados en apenas dos minutos. Para los estándares de esos tiempos, el Huáscar era una nave de guerra formidable, adquirida a un precio bastante razonable.

La fragata blindada Independencia, la mayor de las naves peruanas, había sido construida en Inglaterra en 1865 por la casa J.A. Samuda, en sus astilleros del río Támesis. Desplazaba 2004 toneladas y poseía un blindaje de cuatro pulgadas y media. Con 550 caballos de fuerza, alcanzaba una velocidad de 12,5 nudos. Estaba armada con dos cañones de 150 libras, doce de 70 libras, cuatro de 32 libras y cuatro de 9 libras.

Los viejos monitores de costa clase Canonicus, el Manco Capac y el Atahualpa, bautizados así en honor del primer y el ultimo Inca del Tanhuantisuyo, respectivamente, fueron adquiridos en abril de 1868. Habían sido construidos para la marina federalista de los Estados Unidos por Alex Swift and Company en los astilleros Niles & Rivers Works de Cincinnati, Ohio, y completados el 10 junio de 1865, el primero bajo el nombre de USS Oneota y el segundo como el USS Catawaba. Desplazaban 2,100 toneladas, con un motor de 350 caballos de fuerza y una velocidad teórica de 8 nudos. Estaban protegidos por una coraza de 3 pulgadas, que aumentaba a 5 pulgadas en las partes vitales de la nave y estaban armados cada cual con dos potentes cañones Dahlgreen de 15 pulgadas, montados sobre un torreón blindado con 10 pulgadas de coraza. En la práctica sin embargo, por su lentitud y mal estado, eran baterías flotantes; el Atahualpa prácticamente no se podía mover y el Manco Capac apenas alcanzaba los 3.5 nudos de velocidad (13).

Las dos corbetas, estas sí muy rápidas, eran la Unión, inicialmente mandada a construir por el gobierno rebelde de los Estados Confederados de America en la casa Verns Hermanos de Nantes, Francia, y adquirida por el Perú en 1864 (se comisionó en 1865), de 1,600 toneladas y 500 caballos de fuerza, estaba provista de rotación a hélice, tenía un andar de 12.5 nudos y estaba armada con dos cañones de cien libras, dos de sesenta y ocho libras y doce de cuarenta libras (14); y la Pilcomayo nave de menor poderío, pero la más nueva de todas, construida en 1874 por orden del gobierno peruano en Money Wigram & Sons en Blackwood, Gran Bretaña, con maquinaria de J.Penn & Company de Geenwich. Desplazaba 800 toneladas, alcanzaba los 11 nudos de velocidad y estaba armada con dos cañones de 70 libras, cuatro cañones de 40 libras y cuatro cañones de 12 libras (15).

Completaban la flota la cañonera Arnao, armada con un cañón de 40 libras, uno de 32 libras y ametralladoras, y las lanchas torpederas Alianza, Independencia, Alay, el Urcos, Capitanía, Resguardo y República, cuyas características eran similares a las chilenas.

La marina peruana disponía al momento del conflicto de los transportes Chalaco, de 990 toneladas y 400 caballos de fuerza, el Marañón, de 2,015 toneladas y 700 caballos de fuerza, y las naves Limeña, Talismán y Oroya.

Casi todas las naves de la escuadra se encontraban inmovilizadas y en pleno proceso de reparación.

La marina chilena, con 13 barcos de guerra, incluyendo a los escampavías, desplazaba un total de 13,408 toneladas, mientras que los barcos de guerra peruanos, 7 en total, apenas alcanzaban las 9,500 toneladas. La diferencia se acentuaba aún más si se incluía en el tonelaje total a los transportes, pues los chilenos superaban las 20,000 toneladas, contra unas 7,000 toneladas de las naves auxiliares peruanas.

En lo referente a artillería, la escuadra chilena poseía un total de 114 cañones y 10 ametralladoras Hotchkiss, mientras que la marina peruana disponía de 55 cañones y cuatro Gatlings.

La escuadra chilena pues aventajaba a la peruana en modernidad, cantidad, desplazamiento, blindaje, poder de artillería, y número de transportes. Los peruanos sin embargo suplían esta desventaja con oficiales navales muy capaces y preparados, aunque los marineros y grumetes fueran en su mayoría novatos y los artilleros carecieran de práctica en ejercicios de fuego real(16).

Iniciada la guerra, el Perú organizó su escuadra en dos divisiones. La primera, la mas poderosa, integrada por el Huáscar, la Independencia y los transportes Chalaco, Limeña y Oroya fue puesta bajo el mando del capitán de navío Miguel Grau, uno de los más experimentados y prestigiosos marinos peruanos, comandante del Huáscar. La segunda, integrada por la corbetas Unión y Pilcomayo, los monitores Atahualpa y Manco Capac y el transporte Talismán, quedó a órdenes del hábil capitán de navío Aurelio García y García, quien durante el transcurso del conflicto se convertiría en comandante de la Unión. Los capitanes de navío Juan Guillermo Moore y Nicolás del Portal ejercían el mando de la Independencia y de la Unión respectivamente, mientras que los capitanes de fragata José Sánchez Lagomarsino, Antonio de la Guerra y Carlos Ferreyros quedaron al frente del Manco Capac, el Atahualpa y la Pilcomayo respectivamente. En ese entonces a los capitanes Grau, García y García y Ferreyros, conjuntamente con el contralmirante Lizardo Montero, se les conocía como los cuatro ases de la marina peruana (19).