En la bella, histórica e inexpugnable ciudad del Cusco, Cienciano cimentó el título del torneo Apertura 2005. En casa, los rojos de Carlos Daniel Jurado siempre estuvieron un paso delante de todos y sus trece victorias en el estadio Garcilaso de la Vega así lo certifican.

Cienciano del Cusco inició su campaña en el torneo Apertura cosechando un importante punto (1-1) frente al Atlético Universidad en la ciudad de Arequipa. Los locales se habían reforzado con figuras importantes del medio (Juan Pajuelo, Ysrael Zúñiga y Paul Cominges) y eso hizo que el empate se convierta en meritorio.

Luego llegaron tres victoria consecutivas, dos de ellas en el Cusco y una en la ciudad de Trujillo: Coronel Bolognesi (2-1), César Vallejo (0-1) y Deportivo San Martín (1-0). Las cosas caminaban bien en el conjunto dirigido por el uruguayo Carlos Daniel Jurado, con quien los cusqueños consiguieron el título del Clausura 2001 tras ganarle al Estudiantes de Medicina de Ica.

Sin embargo, Cienciano volvió a tocar fondo porque tuvo una caída aparatosa. Los cusqueños llegaron a la capital para enfrentar a Alianza Lima y sucumbieron (6-2) ante el equipo dirigido en ese entonces por Rubén Darío Insua. Nadie lo podía creer, porque los rojos ya se habían acostumbrado a ofrecer buenos partidos en Lima.

Contrariamente a lo que muchos pensaron, Cienciano no se desmoronó y en la fecha siguiente venció (1-0) con apuros al sorprendente Sport Ancash en el Cusco, pero tuvo que volver a morder el polvo de la derrota unos días después con la caída (1-0) ante Sport Boys en el Callao, en un partido con muchas polémicas.

Como se recuerda, el defensor colombiano Arboleda comentó que uno de los asistentes lo trató en forma despectiva y durante esa semana solo se habló de eso y no de la derrota de Cienciano.

La calma volvió a tienda cusqueña con los triunfos por 1-0 ante Melgar y Sporting Cristal (1-2) en la capital, en un partido que fácilmente pudo perder porque los celestes siempre fueron más.

Tras estos dos importantes resultados, Cienciano aplastó (4-1) a Alianza Atlético de Sullana en el Cusco y llegó entonado a su partido clave ante Universitario de Deportes, con el cual perdió (1-0) gracias a un gol del atacante argentino Javier Molina.

En dicho encuentro estaba en disputa la punta del torneo Apertura y los cusqueños terminaron perdiendo la batalla, pero no la guerra.

Luego de la derrota ante Universitario de Deportes, a Cienciano le tocó descansar. El merecido descanso tuvo sus frutos ya que después cosecharon dos victorias consecutivas: de visita ante Unión Huaral (1-0) y en el Cusco ante Atlético Universidad (4-3), en un partido recordado por el incesante ida y vuelta de ambos conjuntos.

Unos días después empató (0-0) con el mejorado Coronel Bolognesi en Tacna y en la jornada siguiente apabulló (3-0) a la Universidad César Vallejo de Trujillo.

Los rojos caminaban, pero cuando debían dar el salto definitivo hacia el título, siempre se caía, tanto así que perdió 2-0 ante el Deportivo San Martín, luego venció sin complicaciones a Alianza Lima (3-1) y en la siguiente jornada cayó 2-1 ante el Sport Ancash en Huaraz.

Universitario seguía prendido en la punta y a Cienciano se le hacía complicado sumar victorias fuera de casa, pero tras la derrota en Huaraz, los cusqueños se recompusieron y terminaron venciendo a Sport Boys (3-0), Melgar en Arequipa (0-1) y Sporting Cristal en el Cusco (2-0).

En este último encuentro, los dirigidos por Carlos Daniel Jurado mostraron toda su furia al obtener una clara victoria en inferioridad numérica, porque en aquella oportunidad perdió a Óscar Ibáñez y Jair Butrón. Fiel a su estilo, Cienciano recuperó la punta y luego ya no la perdió.

Empató en Sullana ante Alianza Atlético (1-1) y en el partido decisivo venció 2-0 a Universitario de Deportes, sacándole una ventaja que luego fue decisiva. Los cusqueños ganaron el partido clave y en casa no le dieron ninguna oportunidad a los cremas.

Finalmente, los rojos del Cusco vencieron a Unión Huaral, ganando así la dura guerra.