El Club Cienciano del Cusco nació gracias a la promoción del Colegio Nacional de Ciencias el 8 de Julio de 1901. Su primera alineación, al año siguiente, estuvo integrada en su mayoría por profesionales y también comerciantes.

Estuvo conformada por: Miguel del Castillo (Abogado), Bonifacio Monteagudo (Farmacéutico), Augusto Ochoa (Empleado), Mateo Moran (Medico), Luis Alberto Arguedas (Médico), Humberto de la Sota (Abogado), Eduardo Cáceres (Ingeniero), Mister William Newell (Profesor), Juan Samanez (Comerciante), Luis Alberto Aranibar (Ingeniero), Juan J. Loayza Sivirichi (Empleado).

Ascendió como subcampeón de Copa Perú en 1972 y después como invitado al Regional Sur de 1984, siendo su primer partido en el campeonato nacional ante Sporting Cristal (13/4/1973), en donde cayó por 7-1.

El mejor resultado lo logró en el año 2000, goleando 7-1 al Juan Aurich. El último peor marcador que ha obtenido fue en Lima (31/3/1993) ante Sporting Cristal.

Si bien ya lleva más de cien años de fundación, no cuenta con un gran palmarés. Su obsesión sigue siendo la obtención de un título nacional. Aunque estuvo muy cerca cuando ganó el Torneo Clausura 2001, pero en la definición cayó ante Alianza Lima, conformándose con el subcampeonato.

A nivel local no habrá cosechado éxitos, pero es innegable que a nivel internacional ya es reconocido. En su primera Copa Libertadores (2002) ya daba lustres de su buen juego, logrando superar la primera fase. Luego, llegaría la Copa Sudamericana 2003, donde despegaría totalmente.