La Copa Mercosur 1999 se disputó del 27 de julio al 22 de diciembre del año pasado. En una final brasileña, Flamengo derrotó al Palmeiras en la gran final de la Copa merconorte y obtuvo el título.

Los grupos de la primera fase estuvieron formados de la siguiente manera:

Grupo "A": Cruzerio (Brasil), River Plate (Argentina), Palmeiras (Brasil) y Racing Club (Argentina).

Grupo "B": Gremio (Brasil), Independiente (Argentina), Vélez Sarfield (Argentina) y Corinthians (Brasil).

Grupo "C": Boca Juniors (Argentina), Sao Paolo (Brasil), Universidad Católica (Chile) y San Lorenzo (Argentina).

Grupo "D": Nacional de Montevideo (Uruguay), Peñarol (Uruguay), Vasco Da Gama (Brasil) y Cerro Porteño (Paraguay).

Grupo "E": Flamengo (Brasil), Olimpia (Paraguay), Universidad de Chile (Chile) y Colo Colo (Chile).